喀什大学医学院于2015年11月获新疆维吾尔自治区机构编制委员会批复，2021年在自治区党委人民政府正确领导下，在自治区教育工委、教育厅亲切关怀指导和援疆省市、喀什地委、行署的大力支持与帮助下，学校抽调专门力量成立医学院筹备建设办公室，在广泛开展社会调研论证的前提下，完成专业课程体系建设和人才培养方案论证工作，并于2021年8月按照教育部要求提交预防医学、护理学两个专业申报书，2022年2月22日，经教育部备案并审核通过。2022年9月，学校迎来首批161名医学类专业本科生。

学院设立在紧邻喀什地区第一人民医院的高台校区，拥有较为完善的教学、实验和文化、体育、卫生等公共设施。按照学校规划，已将高台校区1号综合楼中部 1~3 楼设置为医学院行政办公楼，两侧为专业课教室；总面积 10000余平方米的实验楼为医学院实验教学及科研用楼，目前学校已投资近6000万元，建成高标准、现代化的专业教学实验平台4个，可全面覆盖基础医学研究的相关关键领域科研平台及南疆首个SPF级专业实验动物房各1个。

学院现有预防医学、护理学、卫生检验与检疫三个专业，现有在校生670人、教职工76人（含银龄教师5人，援疆支教教师4人，援疆干部3人，外聘兼职教师26人）。为满足学生临床实践学习需求，不断促进医学院与地方医疗卫生机构“医、教、研”能力水平提升，学校已与南疆三地州相关三级甲等医院、疾病预防控制中心、南疆国家区域医疗中心等签订临床教学医院7个，实践教学基地4个，能够有力保证专业可持续发展。

今后，学院将立足喀什，面向南疆，辐射中亚，紧紧围绕社会稳定和长治久安的新疆工作总目标，全面贯彻落实党中央确立的治疆方略，高起点、高水平办好医学类本科专业，适度发展医学类专业研究生教育，培养大批“下得去、用得上”的医疗卫生专业技术和管理人才，满足服务区域经济社会发展和医疗卫生事业发展对人才需求，为丝绸之路经济带核心区“医疗服务中心”提供智力支撑和人才保障，为提升南疆医疗卫生事业发展水平、保障改善民生、巩固新疆社会稳定和长治久安做出新的贡献。